De geschiedenis van de NGK is te herleiden tot een beweging die vanaf 1925 ontstond in de Gereformeerde Kerken. Verschillende predikanten waren kritisch over de leer van Abraham Kuyper en vonden dat deze te veel tot een sluitend systeem was geworden van waaruit de Bijbel werd uitgelegd. Deze predikanten spraken meer direct vanuit de Bijbel. Aanhangers van Kuyper reageerden daar verontrust op. Op de synode van Sneek (1939-1942) werd een aantal leeruitspraken gedaan, waarvan de bekendste gaat over het genadeverbond en de wedergeboorte. Dit leidde tot de Vrijmaking in 1944, waaruit de Gereformeerde Kerken (Vrijgemaakt) ontstonden.
Al vanaf het begin bestonden er binnen deze kerken twee stromingen, waarvan de ene het bereikte wilde vastleggen door voor alles eigen kerkelijke organisaties op te richten; men zag de vrijgemaakte kerk ook als de enige ware kerk. De andere groep stond meer open naar andere kerken en organisaties. Uiteindelijk leidde dit in 1964 tot de schorsing van ds. Van der Ziel te Groningen-Zuid, en in 1966 tot de 'Open Brief'. Ondertekenaars van deze brief werden uit de kerk gezet, en velen volgden hen. De ontstane groep kerken werd aanvankelijk 'buitenverbanders' genoemd. Sinds 1979 heet deze groepering officieel de Nederlands Gereformeerde Kerken.
De NGK in Hoorn ontstond als gevolg van de Vrijmaking van 1944. Vanaf 1979 tot 1 mei 2023 was deze als zodanig onderdeel van het landelijke verband van de NGK.
Op 1 mei 2023 ontstond een nieuwe landelijke kerkgemeenschap: de Nederlandse Gereformeerde Kerk. Deze kwam voort uit (jawel) de Nederlands Gereformeerde Kerk en de Gereformeerde Kerk (Vrijgemaakt). De NGK Hoorn werd daar onderdeel van.
Ruim vijftig jaar lang bestonden deze twee kerkgenootschappen naast elkaar. Mensen die om verschil van inzicht uit elkaar waren gegaan, zochten elkaar in de afgelopen jaren weer op. Onrecht dat plaatsgevonden had, werd erkend en beleden. Een aantal kerken die in één stad, dorp of regio naast elkaar bestonden, ging steeds intensiever samenwerken. Stukje bij beetje werd wat gescheurd was weer heel, in persoonlijke verhoudingen en tussen plaatselijke kerken. Op andere plaatsen is het herstel nog pril of moet er nog een begin mee gemaakt worden.
Meer informatie over de eenwording is te vinden op Onderwegnaar1kerk.nl.